Data wskazana na dokumencie elektronicznym nie zawsze pozwala na pewne potwierdzenie faktycznego momentu jego istnienia. Rozwiązaniem jest zastosowanie znaczników czasu.
Każdy e-podpis może być oznakowany czasem zarówno w momencie jego tworzenia, jak i weryfikacji. Wymiana i przechowywanie dokumentów elektronicznych bardzo często wymaga wiarygodnego potwierdzenia, że dokument istniał w danym momencie. W przypadku dokumentu w postaci papierowej wystarczy wpisanie daty na dokumencie bądź jego notarialne poświadczenie. Znakowanie czasem dokumentów elektronicznych polega na wygenerowaniu przy użyciu metod kryptograficznych przez KIR elektronicznego potwierdzenia wiążącego dany dokument z datą. Czas wskazany w znaczniku czasu pochodzi z wiarygodnego źródła i dodatkowo potwierdza istnienie dokumentu we wskazanym momencie. W praktyce, aby uzyskać znacznik czasu z KIR, należy posłużyć się aplikacją Szafir lub komponentami programistycznymi, które pozwalają na automatyczne uzyskiwanie znaczników czasu dla podpisu elektronicznego pod danym dokumentem.