Data wskazana na dokumencie elektronicznym nie zawsze pozwala na pewne potwierdzenie faktycznego momentu jego istnienia. Rozwiązaniem jest zastosowanie znaczników czasu.

Każdy e-podpis może być oznakowany czasem zarówno w momencie jego tworzenia, jak i weryfikacji. Wymiana i przechowywanie dokumentów elektronicznych bardzo często wymaga wiarygodnego potwierdzenia, że dokument istniał w danym momencie. W przypadku dokumentu w postaci papierowej wystarczy wpisanie daty na dokumencie bądź jego notarialne poświadczenie.  Znakowanie czasem dokumentów elektronicznych polega na wygenerowaniu przy użyciu metod kryptograficznych przez KIR elektronicznego potwierdzenia wiążącego dany dokument z datą. Czas wskazany w znaczniku czasu pochodzi z wiarygodnego źródła i dodatkowo potwierdza istnienie dokumentu we wskazanym momencie. W praktyce, aby uzyskać znacznik czasu z KIR, należy posłużyć się aplikacją Szafir lub komponentami programistycznymi, które pozwalają na automatyczne uzyskiwanie znaczników czasu dla podpisu elektronicznego pod danym dokumentem. 

W praktyce, aby uzyskać znacznik czasu z KIR, należy posłużyć się aplikacją Szafir lub komponentami programistycznymi, które pozwalają na automatyczne uzyskiwanie znaczników czasu dla podpisu elektronicznego pod danym dokumentem. Każdy podpis elektroniczny może być oznakowany czasem zarówno w momencie jego tworzenia, jak i weryfikacji. Udostępnianie usługi znakowania czasem odbywa się za pośrednictwem protokołu HTTP. Osoba upoważniona do pobierania znaczników wysyła na określony adres www podpisane żądanie o wydanie znacznika czasu, które jest weryfikowane przez serwery dostępowe usługi znakowania czasem. W przypadku pozytywnej weryfikacji podpisu pod żądaniem generowany jest znacznik czasu.
Faktury VAT z tytułu świadczenia usług znakowania czasem w naliczaniu standardowym wystawiane są raz na kwartał – po zakończeniu kwartału. W przypadku opłat abonamentowych wystawiane są zgodnie z okresem wynikającym z abonamentu, czyli na początku tego okresu. Po zakończeniu okresu abonamentu naliczane są opłaty za dodatkowe znaczniki, które ewentualnie zostały wydane po wyczerpaniu limitu z abonamentu. Faktury za dodatkowe znaczniki wystawiane są w ciągu 7 dni po dokonaniu naliczenia. Opłaty za dodatkowe znaczniki mogą zostać również doliczone do faktury za kolejny abonament. Termin płatności wynosi 14 dni od dnia wystawienia faktury VAT.